Op 12 januari 1807 werd een schip, geladen met buskruit, dat op weg was van de fabriek in Amsterdam naar het arsenaal in Delft, aangemeerd langs het Rapenburg in Leiden, niet ver van de universiteit. Op een of andere manier vatte de lading vlam en de explosie en de brand die daarop volgden verwoestten honderden huizen, een aanmerkelijk deel van de stad. Het zou tot het eind van de eeuw duren totdat de laatste restjes van de puinhopen waren opgeruimd en vervangen door een aardig parkje, maar intussen had deze nogal drastische sloop ruimte gemaakt voor uitbreiding van de universiteit. Laboratoria werden gebouwd en gaandeweg vergroot. Anatomie, fysiologie en natuurkunde werden daar ondergebracht. Later verhuisden alle medische activiteiten naar elders, aan de andere kant van de spoorlijn, en vandaag neemt het natuurkundegebouw een heel blok in beslag. Zelfs dat is echter te klein geworden: een deel van het natuurkundig onderzoek is gevestigd in een nieuw gebouw buiten de stad, een veel voorkomende - en niet erg gunstige - toestand in oude universiteitssteden.